Detect errors, or detect errors and correct, the tree life status evolution over the censuses. Inspired by the code of Nino Page package (ForestData::correct_alive() and .correct_alive_tree())
Usage
StatusCorrection(
Data,
DeathConfirmation = 2,
UseSize = FALSE,
AddRowsForForgottenCensuses = TRUE,
KeepMeas = c("MaxHOM", "MaxDate")
)Arguments
- Data
Dataset (data.frame or data.table) The LifeStatus column must be coded as: - TRUE = alive, - FALSE = dead, - NA = unseen
- DeathConfirmation
Number of times (censuses) needed for an unseen tree to be considered dead (numeric) (Default = 2 censuses)
- UseSize
Use the size presence (> min DBH) as a witness of the living status of the tree (logical) (Default = FALSE)
- AddRowsForForgottenCensuses
TRUE: adds rows for forgotten censuses, FALSE: does not add any rows (logical).
- KeepMeas
In case of multiple diameter measurements in the same census year: Possible values: "MaxHOM", "MaxDate" (character).
"MaxHOM": apply the correction to the measurement taken at the highest POM
"MaxDate": apply the correction to the most recent measurement (same year but more recent date)
Value
Fill the Comment_DataHarmonization column with error type information and add a LifeStatus_DataHarmonizationCor column with corrected trees life status. If AddRowsForForgottenCensuses is TRUE, a column MissedStem_DataHarmonizationCor is added with value TRUE for new rows.
Details
if UseSize : if Diameter != NA -> Alive If (the value in bold is modified by the value given after the arrow): (the ">" gives the chronological order of the sequence)
Dead > Alive -> NA
add rows for the forgotten censuses between 2 'Alive' if chosen
Alive > Dead/NA > Alive -> Alive
Alive > NA > Dead -> NA
Alive > Dead > NA -> Dead
Alive > NA > NA: if DeathConfirmation > unseens -> NA if DeathConfirmation =< unseens -> Dead
Examples
library(data.table)
data(TestData)
selection <- c("101184", "101433","101435","101436")
# Write the sequence
TestData <- TestData[order(IdCensus)] # arrange IdCensus in ascending order
TestData[IdTree == "101184", LifeStatus := c(TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, FALSE)]
#> Index: <IdTree>
#> MinDBH IdCensus Year Month Day Date Site Cluster Plot
#> <num> <ord> <num> <num> <num> <Date> <char> <char> <char>
#> 1: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 2: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 3: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 4: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 5: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> ---
#> 4851: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4852: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4853: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4854: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4855: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> PlotArea PlotElevation Subplot SubplotArea PlotViewID PlotLat PlotLon
#> <num> <num> <char> <num> <char> <num> <num>
#> 1: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 2: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 3: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 5: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> ---
#> 4851: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4852: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4853: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4854: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4855: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> XPlotUTM YPlotUTM SubplotLat SubplotLon XSubplotUTM YSubplotUTM
#> <num> <num> <num> <num> <num> <num>
#> 1: NA NA NA NA NA NA
#> 2: NA NA NA NA NA NA
#> 3: NA NA NA NA NA NA
#> 4: NA NA NA NA NA NA
#> 5: NA NA NA NA NA NA
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA NA
#> 4852: NA NA NA NA NA NA
#> 4853: NA NA NA NA NA NA
#> 4854: NA NA NA NA NA NA
#> 4855: NA NA NA NA NA NA
#> ScientificName VernName Family Genus Species
#> <char> <char> <char> <char> <char>
#> 1: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 2: Conceveiba guianensis kusisi Euphorbiaceae Conceveiba guianensis
#> 3: Moronobea coccinea Moronobea Clusiaceae Moronobea coccinea
#> 4: Pouteria melanopoda bakuman Sapotaceae Pouteria melanopoda
#> 5: Sandwithia guyanensis wata tiki Euphorbiaceae Sandwithia guyanensis
#> ---
#> 4851: Micropholis guyanensis bakuman Sapotaceae Micropholis guyanensis
#> 4852: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4853: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4854: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 4855: Licania alba koko Chrysobalanaceae Licania alba
#> Subspecies Variety Voucher IdLevel Authority CommercialSp LifeForm
#> <char> <char> <char> <char> <char> <lgcl> <char>
#> 1: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 2: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 3: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 5: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> ---
#> 4851: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4852: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4853: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4854: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4855: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> TreeFieldNum IdTree StemFieldNum IdStem TreeLat TreeLon XTreeUTM
#> <char> <char> <char> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 45 100665 <NA> 100665_1_auto NA NA NA
#> 2: 148 100765 <NA> 100765_1_auto NA NA NA
#> 3: 46 100666 <NA> 100666_1_auto NA NA NA
#> 4: 49 100669 <NA> 100669_1_auto NA NA NA
#> 5: 1 100621 <NA> 100621_1_auto NA NA NA
#> ---
#> 4851: 922 101517 <NA> 101517_1_auto NA NA NA
#> 4852: 884 101479 <NA> 101479_1_auto NA NA NA
#> 4853: 887 101482 <NA> 101482_1_auto NA NA NA
#> 4854: 896 101491 <NA> 101491_1_auto NA NA NA
#> 4855: 905 101500 <NA> 101500_1_auto NA NA NA
#> YTreeUTM XTreePlot YTreePlot XTreeSubplot YTreeSubplot LifeStatus
#> <num> <num> <num> <num> <num> <lgcl>
#> 1: NA NA NA NA NA TRUE
#> 2: NA NA NA NA NA TRUE
#> 3: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4: NA NA NA NA NA TRUE
#> 5: NA NA NA NA NA TRUE
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4852: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4853: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4854: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4855: NA NA NA NA NA TRUE
#> DeadStatus Diameter BD Circ BCirc HOM POM BHOM BPOM
#> <lgcl> <num> <num> <num> <num> <num> <char> <num> <char>
#> 1: NA 53.16 NA 167.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 2: NA 14.32 NA 45.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 3: NA 19.89 NA 62.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4: NA 41.38 NA 130.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 5: NA 13.37 NA 42.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> ---
#> 4851: NA 22.60 NA 71.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4852: NA 16.39 NA 51.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4853: NA 20.85 NA 65.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4854: NA 29.60 NA 93.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4855: NA 27.53 NA 86.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> TreeHeight TreeFieldNumOriginal IdTreeOriginal CommercialSpOriginal
#> <num> <num> <int> <lgcl>
#> 1: NA 45 100665 TRUE
#> 2: NA 148 100765 FALSE
#> 3: NA 46 100666 TRUE
#> 4: NA 49 100669 FALSE
#> 5: NA 1 100621 FALSE
#> ---
#> 4851: NA 922 101517 FALSE
#> 4852: NA 884 101479 FALSE
#> 4853: NA 887 101482 FALSE
#> 4854: NA 896 101491 TRUE
#> 4855: NA 905 101500 FALSE
#> DateOriginal LifeStatusOriginal
#> <char> <lgcl>
#> 1: 2016-09-14 TRUE
#> 2: 2016-09-14 TRUE
#> 3: 2016-09-14 TRUE
#> 4: 2016-09-14 TRUE
#> 5: 2016-09-14 TRUE
#> ---
#> 4851: 2020-06-04 TRUE
#> 4852: 2020-06-04 TRUE
#> 4853: 2020-06-04 TRUE
#> 4854: 2020-06-04 TRUE
#> 4855: 2020-06-04 TRUE
TestData[IdTree == "101433", LifeStatus := c(FALSE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE)]
#> Index: <IdTree>
#> MinDBH IdCensus Year Month Day Date Site Cluster Plot
#> <num> <ord> <num> <num> <num> <Date> <char> <char> <char>
#> 1: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 2: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 3: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 4: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 5: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> ---
#> 4851: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4852: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4853: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4854: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4855: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> PlotArea PlotElevation Subplot SubplotArea PlotViewID PlotLat PlotLon
#> <num> <num> <char> <num> <char> <num> <num>
#> 1: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 2: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 3: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 5: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> ---
#> 4851: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4852: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4853: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4854: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4855: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> XPlotUTM YPlotUTM SubplotLat SubplotLon XSubplotUTM YSubplotUTM
#> <num> <num> <num> <num> <num> <num>
#> 1: NA NA NA NA NA NA
#> 2: NA NA NA NA NA NA
#> 3: NA NA NA NA NA NA
#> 4: NA NA NA NA NA NA
#> 5: NA NA NA NA NA NA
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA NA
#> 4852: NA NA NA NA NA NA
#> 4853: NA NA NA NA NA NA
#> 4854: NA NA NA NA NA NA
#> 4855: NA NA NA NA NA NA
#> ScientificName VernName Family Genus Species
#> <char> <char> <char> <char> <char>
#> 1: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 2: Conceveiba guianensis kusisi Euphorbiaceae Conceveiba guianensis
#> 3: Moronobea coccinea Moronobea Clusiaceae Moronobea coccinea
#> 4: Pouteria melanopoda bakuman Sapotaceae Pouteria melanopoda
#> 5: Sandwithia guyanensis wata tiki Euphorbiaceae Sandwithia guyanensis
#> ---
#> 4851: Micropholis guyanensis bakuman Sapotaceae Micropholis guyanensis
#> 4852: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4853: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4854: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 4855: Licania alba koko Chrysobalanaceae Licania alba
#> Subspecies Variety Voucher IdLevel Authority CommercialSp LifeForm
#> <char> <char> <char> <char> <char> <lgcl> <char>
#> 1: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 2: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 3: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 5: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> ---
#> 4851: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4852: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4853: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4854: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4855: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> TreeFieldNum IdTree StemFieldNum IdStem TreeLat TreeLon XTreeUTM
#> <char> <char> <char> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 45 100665 <NA> 100665_1_auto NA NA NA
#> 2: 148 100765 <NA> 100765_1_auto NA NA NA
#> 3: 46 100666 <NA> 100666_1_auto NA NA NA
#> 4: 49 100669 <NA> 100669_1_auto NA NA NA
#> 5: 1 100621 <NA> 100621_1_auto NA NA NA
#> ---
#> 4851: 922 101517 <NA> 101517_1_auto NA NA NA
#> 4852: 884 101479 <NA> 101479_1_auto NA NA NA
#> 4853: 887 101482 <NA> 101482_1_auto NA NA NA
#> 4854: 896 101491 <NA> 101491_1_auto NA NA NA
#> 4855: 905 101500 <NA> 101500_1_auto NA NA NA
#> YTreeUTM XTreePlot YTreePlot XTreeSubplot YTreeSubplot LifeStatus
#> <num> <num> <num> <num> <num> <lgcl>
#> 1: NA NA NA NA NA TRUE
#> 2: NA NA NA NA NA TRUE
#> 3: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4: NA NA NA NA NA TRUE
#> 5: NA NA NA NA NA TRUE
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4852: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4853: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4854: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4855: NA NA NA NA NA TRUE
#> DeadStatus Diameter BD Circ BCirc HOM POM BHOM BPOM
#> <lgcl> <num> <num> <num> <num> <num> <char> <num> <char>
#> 1: NA 53.16 NA 167.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 2: NA 14.32 NA 45.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 3: NA 19.89 NA 62.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4: NA 41.38 NA 130.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 5: NA 13.37 NA 42.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> ---
#> 4851: NA 22.60 NA 71.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4852: NA 16.39 NA 51.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4853: NA 20.85 NA 65.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4854: NA 29.60 NA 93.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4855: NA 27.53 NA 86.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> TreeHeight TreeFieldNumOriginal IdTreeOriginal CommercialSpOriginal
#> <num> <num> <int> <lgcl>
#> 1: NA 45 100665 TRUE
#> 2: NA 148 100765 FALSE
#> 3: NA 46 100666 TRUE
#> 4: NA 49 100669 FALSE
#> 5: NA 1 100621 FALSE
#> ---
#> 4851: NA 922 101517 FALSE
#> 4852: NA 884 101479 FALSE
#> 4853: NA 887 101482 FALSE
#> 4854: NA 896 101491 TRUE
#> 4855: NA 905 101500 FALSE
#> DateOriginal LifeStatusOriginal
#> <char> <lgcl>
#> 1: 2016-09-14 TRUE
#> 2: 2016-09-14 TRUE
#> 3: 2016-09-14 TRUE
#> 4: 2016-09-14 TRUE
#> 5: 2016-09-14 TRUE
#> ---
#> 4851: 2020-06-04 TRUE
#> 4852: 2020-06-04 TRUE
#> 4853: 2020-06-04 TRUE
#> 4854: 2020-06-04 TRUE
#> 4855: 2020-06-04 TRUE
TestData[IdTree == "101435", LifeStatus := c(TRUE, TRUE, NA, FALSE, TRUE)]
#> Index: <IdTree>
#> MinDBH IdCensus Year Month Day Date Site Cluster Plot
#> <num> <ord> <num> <num> <num> <Date> <char> <char> <char>
#> 1: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 2: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 3: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 4: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 5: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> ---
#> 4851: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4852: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4853: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4854: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4855: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> PlotArea PlotElevation Subplot SubplotArea PlotViewID PlotLat PlotLon
#> <num> <num> <char> <num> <char> <num> <num>
#> 1: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 2: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 3: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 5: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> ---
#> 4851: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4852: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4853: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4854: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4855: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> XPlotUTM YPlotUTM SubplotLat SubplotLon XSubplotUTM YSubplotUTM
#> <num> <num> <num> <num> <num> <num>
#> 1: NA NA NA NA NA NA
#> 2: NA NA NA NA NA NA
#> 3: NA NA NA NA NA NA
#> 4: NA NA NA NA NA NA
#> 5: NA NA NA NA NA NA
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA NA
#> 4852: NA NA NA NA NA NA
#> 4853: NA NA NA NA NA NA
#> 4854: NA NA NA NA NA NA
#> 4855: NA NA NA NA NA NA
#> ScientificName VernName Family Genus Species
#> <char> <char> <char> <char> <char>
#> 1: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 2: Conceveiba guianensis kusisi Euphorbiaceae Conceveiba guianensis
#> 3: Moronobea coccinea Moronobea Clusiaceae Moronobea coccinea
#> 4: Pouteria melanopoda bakuman Sapotaceae Pouteria melanopoda
#> 5: Sandwithia guyanensis wata tiki Euphorbiaceae Sandwithia guyanensis
#> ---
#> 4851: Micropholis guyanensis bakuman Sapotaceae Micropholis guyanensis
#> 4852: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4853: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4854: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 4855: Licania alba koko Chrysobalanaceae Licania alba
#> Subspecies Variety Voucher IdLevel Authority CommercialSp LifeForm
#> <char> <char> <char> <char> <char> <lgcl> <char>
#> 1: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 2: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 3: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 5: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> ---
#> 4851: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4852: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4853: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4854: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4855: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> TreeFieldNum IdTree StemFieldNum IdStem TreeLat TreeLon XTreeUTM
#> <char> <char> <char> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 45 100665 <NA> 100665_1_auto NA NA NA
#> 2: 148 100765 <NA> 100765_1_auto NA NA NA
#> 3: 46 100666 <NA> 100666_1_auto NA NA NA
#> 4: 49 100669 <NA> 100669_1_auto NA NA NA
#> 5: 1 100621 <NA> 100621_1_auto NA NA NA
#> ---
#> 4851: 922 101517 <NA> 101517_1_auto NA NA NA
#> 4852: 884 101479 <NA> 101479_1_auto NA NA NA
#> 4853: 887 101482 <NA> 101482_1_auto NA NA NA
#> 4854: 896 101491 <NA> 101491_1_auto NA NA NA
#> 4855: 905 101500 <NA> 101500_1_auto NA NA NA
#> YTreeUTM XTreePlot YTreePlot XTreeSubplot YTreeSubplot LifeStatus
#> <num> <num> <num> <num> <num> <lgcl>
#> 1: NA NA NA NA NA TRUE
#> 2: NA NA NA NA NA TRUE
#> 3: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4: NA NA NA NA NA TRUE
#> 5: NA NA NA NA NA TRUE
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4852: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4853: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4854: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4855: NA NA NA NA NA TRUE
#> DeadStatus Diameter BD Circ BCirc HOM POM BHOM BPOM
#> <lgcl> <num> <num> <num> <num> <num> <char> <num> <char>
#> 1: NA 53.16 NA 167.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 2: NA 14.32 NA 45.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 3: NA 19.89 NA 62.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4: NA 41.38 NA 130.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 5: NA 13.37 NA 42.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> ---
#> 4851: NA 22.60 NA 71.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4852: NA 16.39 NA 51.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4853: NA 20.85 NA 65.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4854: NA 29.60 NA 93.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4855: NA 27.53 NA 86.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> TreeHeight TreeFieldNumOriginal IdTreeOriginal CommercialSpOriginal
#> <num> <num> <int> <lgcl>
#> 1: NA 45 100665 TRUE
#> 2: NA 148 100765 FALSE
#> 3: NA 46 100666 TRUE
#> 4: NA 49 100669 FALSE
#> 5: NA 1 100621 FALSE
#> ---
#> 4851: NA 922 101517 FALSE
#> 4852: NA 884 101479 FALSE
#> 4853: NA 887 101482 FALSE
#> 4854: NA 896 101491 TRUE
#> 4855: NA 905 101500 FALSE
#> DateOriginal LifeStatusOriginal
#> <char> <lgcl>
#> 1: 2016-09-14 TRUE
#> 2: 2016-09-14 TRUE
#> 3: 2016-09-14 TRUE
#> 4: 2016-09-14 TRUE
#> 5: 2016-09-14 TRUE
#> ---
#> 4851: 2020-06-04 TRUE
#> 4852: 2020-06-04 TRUE
#> 4853: 2020-06-04 TRUE
#> 4854: 2020-06-04 TRUE
#> 4855: 2020-06-04 TRUE
TestData[IdTree == "101436", LifeStatus := c(TRUE, NA, NA, FALSE, NA)]
#> Index: <IdTree>
#> MinDBH IdCensus Year Month Day Date Site Cluster Plot
#> <num> <ord> <num> <num> <num> <Date> <char> <char> <char>
#> 1: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 2: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 3: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 4: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> 5: 10.03 2016 2016 9 14 2016-09-14 Paracou <NA> 6
#> ---
#> 4851: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4852: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4853: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4854: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> 4855: 10.03 2020 2020 6 4 2020-06-04 Paracou <NA> 6
#> PlotArea PlotElevation Subplot SubplotArea PlotViewID PlotLat PlotLon
#> <num> <num> <char> <num> <char> <num> <num>
#> 1: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 2: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 3: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 5: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> ---
#> 4851: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4852: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4853: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4854: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> 4855: 6.25 NA 1 NA <NA> NA NA
#> XPlotUTM YPlotUTM SubplotLat SubplotLon XSubplotUTM YSubplotUTM
#> <num> <num> <num> <num> <num> <num>
#> 1: NA NA NA NA NA NA
#> 2: NA NA NA NA NA NA
#> 3: NA NA NA NA NA NA
#> 4: NA NA NA NA NA NA
#> 5: NA NA NA NA NA NA
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA NA
#> 4852: NA NA NA NA NA NA
#> 4853: NA NA NA NA NA NA
#> 4854: NA NA NA NA NA NA
#> 4855: NA NA NA NA NA NA
#> ScientificName VernName Family Genus Species
#> <char> <char> <char> <char> <char>
#> 1: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 2: Conceveiba guianensis kusisi Euphorbiaceae Conceveiba guianensis
#> 3: Moronobea coccinea Moronobea Clusiaceae Moronobea coccinea
#> 4: Pouteria melanopoda bakuman Sapotaceae Pouteria melanopoda
#> 5: Sandwithia guyanensis wata tiki Euphorbiaceae Sandwithia guyanensis
#> ---
#> 4851: Micropholis guyanensis bakuman Sapotaceae Micropholis guyanensis
#> 4852: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4853: Lecythis persistens maho rouge Lecythidaceae Lecythis persistens
#> 4854: Eperua falcata wapa Fabaceae Eperua falcata
#> 4855: Licania alba koko Chrysobalanaceae Licania alba
#> Subspecies Variety Voucher IdLevel Authority CommercialSp LifeForm
#> <char> <char> <char> <char> <char> <lgcl> <char>
#> 1: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 2: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 3: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 5: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> ---
#> 4851: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4852: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4853: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> 4854: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> TRUE tree
#> 4855: <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> FALSE tree
#> TreeFieldNum IdTree StemFieldNum IdStem TreeLat TreeLon XTreeUTM
#> <char> <char> <char> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 45 100665 <NA> 100665_1_auto NA NA NA
#> 2: 148 100765 <NA> 100765_1_auto NA NA NA
#> 3: 46 100666 <NA> 100666_1_auto NA NA NA
#> 4: 49 100669 <NA> 100669_1_auto NA NA NA
#> 5: 1 100621 <NA> 100621_1_auto NA NA NA
#> ---
#> 4851: 922 101517 <NA> 101517_1_auto NA NA NA
#> 4852: 884 101479 <NA> 101479_1_auto NA NA NA
#> 4853: 887 101482 <NA> 101482_1_auto NA NA NA
#> 4854: 896 101491 <NA> 101491_1_auto NA NA NA
#> 4855: 905 101500 <NA> 101500_1_auto NA NA NA
#> YTreeUTM XTreePlot YTreePlot XTreeSubplot YTreeSubplot LifeStatus
#> <num> <num> <num> <num> <num> <lgcl>
#> 1: NA NA NA NA NA TRUE
#> 2: NA NA NA NA NA TRUE
#> 3: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4: NA NA NA NA NA TRUE
#> 5: NA NA NA NA NA TRUE
#> ---
#> 4851: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4852: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4853: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4854: NA NA NA NA NA TRUE
#> 4855: NA NA NA NA NA TRUE
#> DeadStatus Diameter BD Circ BCirc HOM POM BHOM BPOM
#> <lgcl> <num> <num> <num> <num> <num> <char> <num> <char>
#> 1: NA 53.16 NA 167.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 2: NA 14.32 NA 45.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 3: NA 19.89 NA 62.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4: NA 41.38 NA 130.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 5: NA 13.37 NA 42.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> ---
#> 4851: NA 22.60 NA 71.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4852: NA 16.39 NA 51.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4853: NA 20.85 NA 65.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4854: NA 29.60 NA 93.0 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> 4855: NA 27.53 NA 86.5 NA 1.3 <NA> NA <NA>
#> TreeHeight TreeFieldNumOriginal IdTreeOriginal CommercialSpOriginal
#> <num> <num> <int> <lgcl>
#> 1: NA 45 100665 TRUE
#> 2: NA 148 100765 FALSE
#> 3: NA 46 100666 TRUE
#> 4: NA 49 100669 FALSE
#> 5: NA 1 100621 FALSE
#> ---
#> 4851: NA 922 101517 FALSE
#> 4852: NA 884 101479 FALSE
#> 4853: NA 887 101482 FALSE
#> 4854: NA 896 101491 TRUE
#> 4855: NA 905 101500 FALSE
#> DateOriginal LifeStatusOriginal
#> <char> <lgcl>
#> 1: 2016-09-14 TRUE
#> 2: 2016-09-14 TRUE
#> 3: 2016-09-14 TRUE
#> 4: 2016-09-14 TRUE
#> 5: 2016-09-14 TRUE
#> ---
#> 4851: 2020-06-04 TRUE
#> 4852: 2020-06-04 TRUE
#> 4853: 2020-06-04 TRUE
#> 4854: 2020-06-04 TRUE
#> 4855: 2020-06-04 TRUE
Rslt <- StatusCorrection(TestData[IdTree %in% selection])
StatusCorrectionPlot(Rslt)
#> [1] 1